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On entend par flore les espèces végétales qui constitue une végétation. La flore est caractéristique de l'habitat végétal auquel elle appartient.

Ceci explique que les botanistes classent les plantes selon leur statut taxonomique (classification scientifique) mais aussi selon leur habitat : flore dunaire, flore maritime rupicole, flore estuarienne, flore montagnarde, flore alpine, flore rupestre, ou leur zone biogéographique : flore atlantique, flore méditerranéenne, flore continentale, etc.

L'isolement géographique ou des conditions climatiques locales particulières entraînent parfois une spéciation jusqu'à donner des espèces endémiques. Le Pays Basque, de par sa localisation (plaque ibérique et plaque européenne) et son relief responsable de ses trois zones biogéographiques distinctes, compte un grand nombre de plantes endémiques.

Enfin, parmi la flore remarquable du pays, les fougères, les plantes carnivores, les mousses et les lichens comptent qualitativement et quantitativement des espèces dans le Pays Basque atlantique, les orchidées dans la partie méditerranéenne.

Le milieu marin n'est pas en reste avec ses récifs littoraux abritant une flore algale originale.